Aunque el Ejercito del Pueblo Paraguayo como tal comienza a operar en 2008, fueron sus futuros miembros los que secuestraron a Maria Edith Bordón de Debernardi y asesinaron a Cecilia Cubas en 2001 y 2004. La lista completa de secuestros atribuidos al EPP es al siguiente:
2001
María Edith Bórdon de Debernardi – Secuestrada en noviembre de 2001, liberada tras 64 días tras pago de rescate.
2004
Cecilia Cubas Gusinky – Capturada el 21 de septiembre de 2004; hallada muerta el 16 de febrero de 2005 tras meses en cautiverio.
2008
Luis Alberto Lindstron – Ganadero secuestrado el 31 de julio de 2008; liberado el 12 de septiembre de 2008 tras rescate, pero asesinado en 2013.
2009–2010
Fidel Zavala Serrati – Secuestrado el 15 de octubre de 2009; liberado tras 94 días.
2014
Arlan Fick – Secuestrado el 2 de abril de 2014; liberado el 25 de diciembre de 2014 tras 267 días
Edelio Morínigo Florenciano – Suboficial de policía secuestrado el 5 de julio de 2014; posteriormente se informó su muerte sin recuperación de restos.
2015–2017
Abraham Fehr – Agricultor secuestrado el 8 de agosto de 2015; posteriormente hallado muerto.
Franz Wiebe – Secuestrado el 27 de julio de 2016; liberado el 25 de febrero de 2017.
Franz Hiebert – Secuestrado el 21 de agosto de 2017; liberado en febrero de 2018.
Bernhard Blatz – Secuestrado el 1 de septiembre de 2017; liberado el 5 de febrero de 2018.
2015
Robert Natto y su esposa Erika murieron tras un enfrentamiento entre miembros del grupo guerrillero que los había secuestrado y la Fuerza de Tarea Conjunta que busca combatirlos. Los asesinatos tuvieron lugar en la zona de Yby Yau, unos 400 kilómetros al norte de Asunción.
2016–actual
Félix Urbieta – Ganadero secuestrado el 12 de octubre de 2016; sin liberación oficial reportada hasta ahora.
2020
Óscar Denis Sánchez – Ex vicepresidente de Paraguay, secuestrado el 9 de septiembre de 2020; su paradero sigue desconocido hasta 2026.
2026
Almir de Brum da Silva – Productor agrícola de 32 años, secuestrado el 20 de febrero de 2026 mientras trabajaba en un campo en la colonia Yerutí (departamentos de Caaguazú/Canindeyú). Las autoridades policiales hallaron panfletos atribuibles al EPP y una carta dirigida a la familia, lo que llevó a que la Policía Nacional confirmara la autoría del EPP en el hecho; su paradero sigue desconocido mientras fuerzas de seguridad realizan operativos, y la familia ha pedido oficialmente una prueba de vida a los captores.
